南洋大學在籌辦時期以創辦一所世界級大學為願景，物色具國際名望之學者出任校長，終於請到了大文豪林語堂當校長，但最終因各種原因不歡而散，成為南大歷史上的一個遺憾。

林語堂要求要有幾項具體的保證：要有「唯一的」行政職權，南洋大學應有「一個非常單純而無政治性的目標」，且在一九五四年年底以前至少應籌集三百三十萬美元，一九五五年年底以前應再籌集三百三十萬美元。陳六使以理事會名義對此一切完全同意，林語堂遂於一九五四年八月率眷赴新加坡，十月二日就任南大校長。

上任後，林語堂與董事會因建築、辦校經費與辦學理念等問題出現分歧，而林的反共親中華民國立場亦受到抨擊，指林意圖將南大建設為「反共」大學，違反「非政治化」原則。雙方最終決裂，董事會以簽訂五年合同的一半年限支付遣散費給林語堂及十一位教職工，共三十萬餘新元。該部分金額由陳六使獨自墊付。林語堂等人接受遣散費，一九五五年四月三日離職，在任僅半年，此時南大仍未正式開課。▇